生物多樣性，經常被使用來量度或是評估一個生態系統的穩定性，主要分爲三層次：遺傳多樣性、物種多樣性、以及生態系統多樣性。生物多樣性熱點，泛指一些有着多樣生態系統、物種族群、以及物種個體差異的地點，這些地點皆有一個高可持續性的生態系統。香港亦因爲地理位置，以及其氣候和地形特質，造就了多樣化的生境，亦孕育出一些生態熱點，分佈於港、九、新界。
大帽山海拔957米，是香港最高的山峰。位於新界中部，大帽山內可以找到不同種類的生境，除了有著香港內具代表性的高地生境，次生林、淡水溪流、灌木叢和草地斜坡等等都可從大帽山的不同範圍找到，不同的生境提供了棲息地給不同物種，令生物多樣性大大提高。不同品種的植物、雀鳥、蝴蝶，以及爬行類也能在大帽山遇見。大帽山為香港境內海拔較高的地帶，因此降雨量較多，氣溫則較低，冬季時偶爾更有結霜紀錄。
比較適應棲息於高海拔地帶的物種，都有機會於大帽山看到，如棘胸蛙，或多種適應於高地棲息的雀鳥，如中華鷓鴣、山鷚、強腳樹鶯及大草鶯。大帽山都爲這些物種提供適合的環境及這些物種棲息或繁殖。常見的物種如橫紋鈍頭蛇和青竹蛇都可於大帽山上見到。
為了保護大帽山的生態及生物多樣性，大帽山郊野公園於1979年正式成立。除了大帽山，環繞大帽山附近地段亦都受第208章《郊野公園條例》保護，佔地面積共1,440公頃。
香港大部分林地皆屬次生林地，而甲龍是一片位於大帽山山腳的人工植林，譲次生林能以更快的速度再生。在甲龍的林地日漸成熟的同時，更多不同的野生物種都在此地棲息。
甲龍是一條位於大帽山郊野公園及大欖郊野公園的郊遊徑，是古時務農人士來回石崗及荃灣市集的必經之路。林徑一部分是從古時由本地村民所建造，另一部分則由郊野公園及海岸公園管理局於近十多年來建造。甲龍郊遊徑沿途可見不同演變階段的林地，而途中亦會經過淡水溪流。甲龍附近亦有雷公田及石崗，沿著石崗機場路可以看到灌木叢，而石崗機場旁有一渠道，旁邊的植被以及一小段的風水林亦為附近帶來不錯的生境。甲龍、雷公田、以及石崗附近都有著不同生境，孕育著種類繁多的野生動物。常見的物種有髮冠卷尾、灰卷尾、灰樹鵲以及赤麂等。
位於上水以北，塱原乃是香港其中一處生物多樣性最爲豐富的地方。塱原是一個有著全港最大片濕耕農地的氾濫平原，運用傳統的水田耕作去種植不同農作物。塱原不同農地生成了各類型的生境，包括種植西洋菜或通菜的水田，稻田，水螆田，蓮田，果樹等，都造就了塱原豐富物種的生態環境。在塱原內，有過250種雀鳥，10種爬行類以及多種蝴蝶都喜好於塱原內覓食，或是用作隱藏或繁殖之地。
由2005年起，在「可持續發展基金」和「環境及自然保育基金」撥款資助下，長春社以及香港觀鳥會在塱原實行塱原生境管理保育工作，包括推行「塱原可持續發展計劃」、「塱原可持續生境管理計劃」及「塱原自然保育管理計劃」等，工作包括生態管理、生物多樣性調查及普查、以及不同教育及推廣活動，以保育及改善塱原的淡水濕耕農地及提高當地的生境價值。
在塱原的常見物種有瀕危物種的黃胸鵐、彩鷸、扇尾沙錐、斑腿泛樹蛙、澤蛙、以及飾紋姬蛙等。
米埔及內后海灣濕地乃是一個國際知名的濕地，更被譽爲候鳥天堂，是讓無數水鳥棲息渡冬的地方。米埔及內后海灣濕地位於東亞-澳大拉西亞遷飛區的中間地帶，成爲水鳥遷徙路線中重要的補給站，譲他們能在這越冬地上稍作休息以繼續牠們的旅程。因此，在后海灣濕地的生物多樣性亦大大提高。
米埔及內后海灣中有不同的濕地生境，為依賴濕地環境的物種提供棲息地，生境包括淡水魚塘、基圍、紅樹林、蘆葦叢及潮間帶泥灘。超過400種雀鳥曾在米埔內有棲息記錄，另外蝴蝶、蜻蜓、豆娘、蟹類、蝦類、水生無脊椎生物，甚至是哺乳類、魚類、爬行類都在內后海灣有不少野生記錄。
近這五十多年，保育及保護米埔及內后海灣的重要性已被廣泛肯定。早於六十年代，已有不同聲音都建議將米埔內后海灣納為保育區，而任何狩獵行爲都於1974年禁止於米埔範圍內進行。1975年起，任何人士進入米埔沼澤範圍都需申請許可證。一年後，香港政府將米埔沼澤範圍區劃為具特殊科學價值地點以管制及阻止在範圍內進行發展。1982年，成立米埔自然保護區的建議正式由香港政府行政會議所通過。
米埔及內后海灣濕地的生態價值被本地政府及國際所認可。香港政府於1980年代於其核心區域設立米埔自然護理區。米埔及內后海灣濕地更於1995年起，獲《拉姆薩爾公約》 劃為「國際重要濕地」，為中國境內57個「國際重要濕地」之一。由1998年起，拉姆薩爾濕地保育策略及管理計劃正式開始推行，以為保育及善用米埔及內后海灣濕地的管理工作制訂工作大綱，亦為提高公眾對米埔及內后海灣濕地的認識。按照生境種類、生態價值，和現時土地用途，米埔及內后海灣濕地被劃分為5個管理區域，分別為核心區（主要覆蓋米埔沼澤及潮間泥灘範圍）、生物多樣性管理區（主要為現時的米埔自然護理區範圍）、公眾使用區、善用區及私人土地區。生態基線監察計劃亦同時進行，以監察米埔及內后海灣濕地的生態環境，從而得以妥善管理，維持，甚至提高濕地的生態價值。同時，保育研究包括每月水鳥普查、涉禽普查及度冬黑臉琵鷺調查至今仍然繼續進行。
黃紋孔弄蝶、小眉眼蝶、紋藍小蜻、黃翅蜻、黑臉琵鷺、反嘴鷸、白腰杓鷸、黑嘴鷗都是在米埔及內后海灣濕地常見的物種。
蒲台島又被稱爲「香港南極」，亦都為香港的一個重要生態熱點。蒲台島是香港最南的島嶼，受着風化作用，形成不同地質面貌，令蒲台島因它的地質奇觀而聞名。蒲台島上有極高的生物多樣性，尤其是在雀鳥的種類。在春秋季節期間，有不少獨特而罕見的過境遷徙鳥類都能在島上看到。蒲台島的地理位置，譲不少的過境遷徙鳥種都能在此島休息，為重要的補給站。
蒲台島的生態重要性高，但該島並沒有劃成任何的郊野公園。不過，有見蒲台島很高的生態價值，蒲台島於2012年被規劃署劃入發展審批地區圖，並於2016年納入分區計劃大綱圖，區劃為綠化地帶以及自然保育區，以保護及保存區內的天然景觀、生態及地形特徵。
蒲台島內有多於300種雀鳥記錄，包括三寶鳥、藍翅八色鶇、鳳頭蜂鷹。同時，瀕危物種「盧氏小樹蛙」亦可見在蒲台島上的淡水溪流中棲息，蟒蛇、罕見的紅鋸蛺蝶亦能在蒲台島上找到蹤跡。
大埔滘自然保護區位於大埔墟和香港中文大學之間，是香港其中一個最成熟的樹林。這樹林包含了次生林、植被和原生樹木。除了有不同類型的樹林種類，大埔滘自然保護區的不同角落亦有淡水溪流。
大埔滘自然保護區為香港第一個在郊野公園範圍外之特別地區，於1977年劃定460公頃的土地爲自然保護區，也有自然徑譲公眾遊覽。大埔滘為香港植樹工作具代表性的林地，孕育著多種動植物物種。
大埔滘內的常見物種包括黃頰山雀、小鷦鶥、黃嘴栗啄木鳥、橙腹葉鵯、大擬啄木鳥，偶爾更可於自然保護區內看見東亞豪豬。
